Salut.
Le 64 bits sous Linux est de mieux en mieux supporté. Pour ma part j´ai une Gentoo 64 bits sur mon desktop et je n´éprouve aucune limitation par rapport à mon portable sous Gentoo 32 bits.
Actuellement seuls certains logiciels propriétaires tels que le flash player ou encore acroread peuvent poser problème car les auteurs de ces softs ne se sont pas donné la peine de fournir une version 64 bits.
Mais en regardant bien, il existe un plugin pour utiliser le flash player 32 bits avec firefox 64 bits et acroread est loin d´être le seul viewer de pdf sous Linux.
Après il faut considérer que chaque distribution offre un support 64 bits plus ou moins bon. Celui de Gentoo est excellent (avantage d´une distrib source), mais je ne sais pas ce qu´il en est sous d´autres distribs. Mais, à mon avis, vu la popularité d´Ubuntu, le support doit être bon.
En termes de performances, je ne vais pas te mentir, si gain il y a, il n´est pas flagrant, du moins pas encore (vivement gcc-4.2 pour pouvoir profiter à fond du core2 duo !! !).
Voilà, à toi de voir, essaie de te renseigner sur les forums Ubuntu pour savoir ce qu´il en est, mais bon le 64 bits on y viendra tous tôt ou tard ! ;)