Moi je ne le fais pas, j´utilise le premier terminal qui me tombe sous la main, et j´appuie sur la touche windows pour en ouvrir un nouveau
(comme quoi, windows, ca peut servir...)
Plus sérieusement, tu dois pouvoir dire ca dans :
Options -> Configurer Konqueror -> Association extension-application (enfin un truc qui ressemble)
Tu ajoutes wine (/usr/bin/wine même) et tu dis que c´est pour les fichiers qui ont un nom en *.exe 