Le problème, c´est que toutes les distro n´utiliser pas forcément les même librairies, pas installés au même endroit et surtout pas à la même version (les libs de Debian sarge sont beaucoup plus ancienne que celle de la dernière Ubuntu, logique).
Donc ça créé des incompatibilités.
Voila pourquoi d´un distro à l´autre t´es pas sur qu´un programme tourne comme il faut.
Il y a bien des initiatives pour sychroniser le tout, et rendre plus compatible les distro, au nom de l´interopérabilité (Linux standrard base par exemple)
Mais c´est un peut un gros foutoir puisque derrière la plupart des distro, il y a des phylosophie, et des façon de penser différentes, et donc c´est dur de se mettre d´accord.
Windows contourne en partie le problème, mais comme a ditmeuble2001, c´est un détriment de la stabilité, ça créé des conflit, et c´est aussi parce que les systèmes Windows n´évoluent pas beaucoup
En ce qui conscerne les .deb et rpm, c´est deux formats de paquets différents, parmis tant d´autres.
Il y a quand même un bon logiciel pour convertir de l´un à l´autre, c´est alien 
Tu peux peut être te renseigner sur le sujet si tu y tiens (ça sers pas mal des fois
)