Il faut mettre, dans le fichier .conkyrc "own_window_type override" et non "own_window_type desktop" !
Seul problème : les icônes disparaissent sous la fenêtre de Conky, la transparence ne s'établit qu'avec le wallpaper...
Pour ma part, c'est pas gênant, j'vois pas pourquoi j'irais foutre une icône sous la fenêtre de Conky, mais bon ! ^^