ça correspond aux différentes architectures de proc.
386/486 très vieux processeurs.
586 = pentium like
686 = pentiumIII/IV/Athlon/...
En fait, chaque nouvelle génération de processeur dispose de nouvelles fonctions qui ont pour but d´accélérer les calculs et donc d´exécuter plus rapidement certaines instructions.
Si tu télécharges un package < nom>.i686..., cela veut dire que le package à été compilé en tenant compte de ces nouvelles fonctions, mais malheureusement ne tournera pas sur les anciens proc.
Bref, j´espère que ça a pu t´eclairer un peu.