Sans avoir testé longtemps, les deux principales différences entre Cyberpunk 2020 et 3.0 sont le système de jeu et le background.
Niveau règles, je dirais que, en théorie, on peut s'adapter à n'importe lequel et faire les aménagements nécessaires, mais il faut reconnaître que celui de 2020 avait une nette tendance à pousser les joueurs à se transformer en robocop. Les combats étaient certes violents, donc en adéquation avec l'univers, mais ça devenait vite confus quand on parlait armes auto, tirs de couverture, etc.
En outre, il y avait parfois certaines zones floues avec les compétences, parce que les explications manquaient de clarté.
Mais enfin, chaque maître finissant par modifier ses règles, je ne m'étendrai pas là-dessus.
Niveau background, 2020 est désormais en retard en ce qui concerne la vie quotidienne. il faudrait un gros travail de la part du meneur pour le mettre à jour. Et l'essentiel des publications ne concernaient que les USA. Le livret sur l'Europe est franchement minable (mais c'est pareil pour Cyberspace).
Là-dessus, la v3 est plus originale puisque le joueur appartient à une "culture", en gros une sorte de classe de personnage mais à l'aspect sociologique plus développé. Et l'univers a été mis à jour, même si sur le moyen terme, il sera lui aussi à la ramasse tôt ou tard.
Conclusion, tu as peut-être meilleur temps de déterminer déjà quel type d'univers cyberpunk tu aimerais faire jouer en te référant à des lectures, romans, etc. Une fois cela fait, tu pourras toujours picorer dans les versions de Cyberpunk, Cyberspace, Spacemaster, Shadowrun, etc les éléments dont tu as besoin.