Ça se joue au feeling. Le mieux est quand même, pour une première partie, d'avoir quelqu'un qui a déjà joué pour faire le MJ. Maintenant, c'est vrai qu'on en a pas toujours un sous la main. 
Chaque table est unique, j'en connais pas deux qui jouent de la même manière, tout comme je connais pas deux MJ qui procèdent de la même manière pour lancer la partie, mettre de l'ambiance, gérer la narration, etc.
J'ai jamais masterisé de Cthulhu, mais j'ai cru comprendre que c'était loin d'être facile. Pour un premier JdR, tu as pas choisi l'option la plus simple 
Bref, quelques conseils quand même, qui s'appliquent pour la plupart des JdR. C'est comme ça que je procède quand je masterise, ces "règles" sont donc pas "absolues", mais elles marchent.
- D'abord, il est très important que le MJ se renseigne sur l'univers, la culture et l'époque dans lesquels on joue. Dans le cas d'un Cthlhu (années 30 je crois), c'est pas trop difficile, mais faut quand même faire l'effort et la démarche. Le MJ doit aussi bien connaître son scénar', mais ça j'suppose que tu savais.
En outre, il vaut mieux que le MJ maîtrise bien le système de règles, ça rend la partie plus fluide que s'il doit chercher toutes les cinq minutes.
- Ensuite, la création des personnages.
Y'a deux écoles. Soit on crée un personnage, avec les jets de caractéristiques, etc. et puis seulement on lui définit une personnalité en fonction de ces jets.
Soit le joueur imagine un personnage qu'il tire ensuite, quitte à adapter un peu les jets pour correspondre au personnage imaginé. J'suis plutôt partisan de la seconde méthode.
Quoi qu'il en soit, le background du personnage se définit entre le joueur (qui imagine son PJ) et le MJ (qui "négocie" avec le joueur ce qui est possible ou pas). Il vaut mieux que ça se fasse entre le joueur et le MJ uniquement, que les autres joueurs n'entendent pas ce qui se dit.
- Les personnages créés, leurs backgrounds respectifs définis et les joueurs réunis, il convient de commencer la partie.
Le début traditionnel est la rencontre entre les PJ. C'est un passage important, qu'il vaut mieux pas négliger.
Ce peut être plein de trucs, et tu imagineras bien quelque chose en fonction des backgrounds de tes PJ. Souvent, dans les scénarii pré-établis, on trouve une piste d'introduction.
Souvent, on combine les PJ qui se retrouvent impliqués par hasard (pour des personnages qui n'ont pas de bonne raison de se lancer dans une enquête/aventure périlleuse) et ceux qui sont là pour une raison précise, liée au scénario (journaliste venu glaner des informations sur ces mystérieuses disparitions, policier venu enquêter, érudit que les symboles étranges intriguent, etc.) ou non (pour les PJ qui ont un but personnel : vengeance, quête particulière, etc.).
- Plus précisément, voilà comment ça peut se dérouler : le MJ fait une petite introduction, plante le décor, relate ce qui est arrivé aux PJ avant que le jeu ne commence. Monologue plus ou moins long de mise en ambiance qui permet souvent de plonger les joueurs dedans.
- Ensuite, il pose les PJ devant la situation de leur rencontre, en prenant soin de bien décrire le cadre. Puis il leur laisse la parole, n'intervenant que si un PJ lui pose une question, ou bien entame une action.
- Par la suite, c'est comme ça qu'on procède : les PJ discutent entre eux en RP sans intervention du MJ tant que c'est pas nécessaire, et dès qu'ils ont besoin d'une description ou du résultat d'une action, le MJ intervient.
C'est aussi le MJ qui joue les PNJ, qui décrit tous les événements, etc.
Comme son nom l'indique, le MJ est le Maître absolu de la partie : c'est lui et lui seul qui peut dire que quelque chose se passe, que la nuit tombe, que tel PNJ a une moustache, etc. Le MJ a toujours raison. C'est aussi à lui à rappeler à l'ordre les joueurs s'ils déconnent trop ou s'ils agissent sur base de trucs qu'ils sont pas censé savoir (très peu de PJ sont censés avoir entendu parler du Mythe, des Anciens, etc.)
En tant que MJ, évidemment, tu dois maintenir au mieux la cohérence de l'univers et la continuité du scénario. Quitte à ce que quelque chose se passe si les PJ n'avancent plus.
- Dès qu'un PJ fait quelque chose, son joueur le dit au MJ. Tout ce qu'il n'a pas dit au moment où son PJ le fait n'a pas eu lieu. Même des trucs aussi anodins que manger, boire, prendre des notes, etc.
- Si le PJ fait une action "secrète" (dont les autres PJ ne sont pas censés être au courant), on passe par des bouts de papiers pliés et échangés entre le joueur et le MJ.
- Souvent, la situation sera telle que tous les joueurs auront à agir. Dans ce genre de cas, y'a deux façons de procéder.
Soit on procède par ordre, et chacun à son tour dit ce qu'il fait. C'est la méthode la plus "propre" mais en situation "urgente", y'a risque de casser le rythme.
Soit le premier qui parle est le premier à agir, ce qui favorise les joueurs "grande gueule", mais permet de garder le rythme.
- Chaque joueur dit ce que son personnage fait. Je te déconseille d'autoriser tes joueurs à dire des trucs du genre "lui il fait ça pendant que moi je fais ça", parce que c'est souvent source de malentendus.
- De façon générale, le MJ parle beaucoup en début de partie (faut planter le décor, mettre les joueurs dans l'ambiance, les PJ se connaissent pas encore bien, etc.), puis de moins en moins, au fur et à mesure que les joueurs rentrent dans leurs personnages.
Voilà, ce sont quelques petits trucs de base qui peuvent vous éviter de perdre du temps. Mais y'a beaucoup d'improvisation, le JdR c'est essentiellement ça.
La première partie est souvent la plus laborieuse quand on a pas de rôliste initié dans le groupe, pour le MJ encore plus que pour ses joueurs. Donc précise peut-être à tes amis d'être indulgents 
) : La maison Hantée des Corbitt ou Le Phare de Bryn Celli Ddu (incorporé à la sixième édition du jeu).