Je pense plus que Yamato etait dans un "coma artificiel" orchestré par Obito. Il l'avait utilisé pour prendre son chakra et l'inserer dans ses Zetsu
Là il est pas "contrôlé par Pain", il est juste sous l'emprise du corps du Zetsu spirale. Si le Zetsu lache Yamato, son corps restera à terre, inactif. (avant que Naruto ne vienne lui redonner conscience
)