Aucune raison?
Il y en a pourtant des possibilités sans faire incohérent.
Madara peut disparaitre mais être ramené par Tobi via son rinnegan et la technique que Nagato à usé pour le village de Konoha, Rinne Tensei.
Madara peut rester via un sceau de Kabuto qui le protégerait du départ en cas d'annulation( ce qui ferait de Madara son arme ultime).
Il peut aussi avoir fait faire le blocage à Itachi avec les mudras en rajoutant des signes en plus.
Ca ferait trop rapide son départ après l'arrivée du Big Susanoo.
Sinon moi j'aime à penser que Kabuto à refilé une combi de mudras différente à Itachi.
Il donne une série précise à Tobi et une autre à Itachi, oui, il a surement menti à Tobi mais là, il a très bien pu accepter son mauvais côté au lieu du bon dans Izanami et pu donner à Itachi une combi de mudra qui désac Edo Tensei mais laisse Madara,et vu qu'il a modifié Madara comme il disait, il a pu faire ce genre de choses..