Bon je vais faire plus simple et plus ordonné:
I. Background général.
Pour faire simple, les Humains lors de leur première excursion sur Mars découvrent les ruines d'une civilisation Antique (Les Prothéens). Parmis ces ruines, ils déterrent une sorte de "porte des étoiles" appelé "Relai cosmodésique". Une telle porte permet en réalité de se téléporter à n'importe quel endroit de la galaxie.
Le problème, c'est que les humains tombent nez à nez avec une race extraterrestre nommés Turiens*. S'en suit une guerre (la guerre de premier contact) ou l'humanité se fait complètement laminée.
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Cependant, alors que la terre est sur le point d'être envahie, le conseil (un regroupement des races les plus puissantes de la galaxie) rappellent à l'ordre les Turiens. La terre est donc sauvée.
A partir de la, l'humanité se lance dans une conquête spatiale et fonde des colonies un peu partout dans l'espace. L'un des enjeux majeurs de ces colonies est de déterrer des artefacts Prothéens, une fameuse race antique technologiquement très avancée, qui régnait sur la galaxie il y a de cela 40.000 ans.
Note: Les humains sont victimes de discriminations et sont insultés par les autres races. Ils sont en effet considérés commes trop vaniteux, fourbes et avides de pouvoir... Par ailleurs ils ne sont pas assez puissant pour faire parti du conseil.
II. Histoire de Mass Effect I
Une colonie humaine (Eden Prime) est attaquée par une race de robots comparables aux borgs de Star Trek. Le vaisseau humain "Normandy", le fleuron de l'Alliance est donc dépêché pour voir ce qu'il se passe.
Toi, tu incarnes Shepard, un membre d'équipage de ce fameux vaisseau. En outre, tu es l'un des plus vaillants soldats de l'armée. Si bien que l'humanité t'as instauré comme candidat au poste de Spectre.
Un spectre est un soldat d'élite qui est la main exécutrice du conseil (un groupement de races qui gouvernent la galaxie et dont les humains sont exclus). L'humanité considère donc l'élection de Shepard en tant que spectre comme une porte ouverte à la participation des hommes à ce gouvernement galactique.
Cependant lors de la mission d'Eden Prime, le spectre chargé de te surveiller est tuer par un autre spectre (Saren) qui est apparement le leader des Geths (la race de robot).
Lors de cette même mission, Shepard découvre que les robots étaient venus sur cette planète pour voler un artefact Prothéen (une vieille race antique). Shepard approche de l'artefact, a un flash et a apparemment emmagasiné une grande quantité d'information relative a cette antique Race.
De retour à la Citadelle (Coruscant de l'univers Mass Effect). Le conseil décide de te nommer Spectre. Shepard, décide alors de faire part au conseil de la trahison de Saren. Néanmoins, le conseil n'écoute rien et ne croit pas un traitre mot de ce que tu racontes.
Shepard décides donc de constituer une équipe, prends le commandement du vaisseau Normandy et poursuit Saren et ses Geths à travers la galaxie pour savoir quel est son dessein. Au cours de ton voyage tu croises bien sur de nombreuses personnalités qui sont amenées à t'aider dans ta quête et intègrent ton équipe.
Au fil de l'aventure, tu découvres qu'en réalité la fameuse race Antique qui régnait sur la galaxie (Les Prothéens) ne se sont pas éteints par hasard. En réalité, les fameuses portes des étoiles dont la création étaient attribués au Prothéens ont en fait étés élaborées par une autre race: une race de robot. En fait, ces robots ont délibérément disséminés des portes des étoiles à travers toute la galaxie pour contribuer à ce que des civilisations émergent. Puis, tous les 40.000 ans, ces robots reviennent d'une autre galaxie à travers l'une de ces fameuses porte des étoiles afin de détruire toutes les races qui se sont développées.
Pourquoi faire ça ? Eh bien tout simplement pour moissonner. C'est à dire que cette race laisse les organiques se développer tranquillement, puis au bout de 40.000 ans, ils les détruisent et assimilent leur technologie. Le héros découvre par ailleurs que ce système constitue un véritable cycle... C'est à dire qu'avant les Prothéens il existait aussi une autre race qui s'est faite assimilée par les moissonneurs... On ne sait par ailleurs pas quand à commencé ce cycle... Peut-être depuis des millions d'années.
Or il s'avère, que la porte des étoiles à travers laquelle l'armée des moissonneur veut passer n'est autre que la citadelle, c'est à dire la station spatiale ou se situe le gouvernement galactique (le conseil). On découvre donc que les Geths et Saren ne sont que l'instrument des moissonneurs... Ils sont chargés de préparer leur retour dans la galaxie.
Dernière mission:
Et donc toi forcément, tu empêches Saren d'agir en protégeant la citadelle 
et en empêchant Saren d'activer la porte des étoiles.
Pendant ce temps la, se déroule un véritable combat spatial qui oppose les vaisseaux de toutes races de la Galaxie à l'armée Geth mais aussi à Sovereign (un vaisseau géant)... Or il s'avère que Sovereign est lui même un missonneur.
En fait Sovereign est celui qui a corrompu Saren et les Geths et les a utilisé comme Pion. A savoir que la rasse robotique Moissoneurs sont d'énormes robots aussi gros que qu'un Super Star Destroyer de Star Wars
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Bon c'est du résumé très grossier... Mais c'est déjà ca.
