Ah bon... les bond ça marche comme ça...? A partir du moment où un rond bleu passe sur le bond +, ça active les ronds gris de liaisons? J'avais pas compris ça comme ça, moi. 
Tu m'étonnes ensuite que je me retrouve à faire un truc comme ça.

Bon après ça m'a pris plusieurs jours de réflexion je redis bien, d'autant qu'au départ le fait de ne pas avoir les deux bons atomes faisait faire tout le tour de la map et donc prenait bien plus de temps, et laissait moins de place pour réaliser la suite du schéma (c'est essentiellement pour ça que j'ai collé la sortie au reste).
En tout cas le truc de synchronisation qui permet de vérifier que l'un des ronds de couleur a déjà validé sa paire d'atome, et d'attendre que l'autre ait la sienne, c'est pas bête. Perso dans mon schéma si l'un deux n'avait pas le bon, ils devaient refaire tout le temps ensemble, en s'entrebloquant à chaque fois dans les portes avec des trucs de synchronisation.
(Après, comme tu le dis, ton schéma ne marche pas entièrement, il fallait le dire ça.
)
Le meilleur système de vérification est forcément une combinaison de nos deux systèmes.
Edit : Bon je viens de lire les tutos du jeu, ça fait pas de mal. 
J'ignorais que le fait qu'un atome soit lié horizontalement ou verticalement à un autre atome n'avait jamais aucune importance, tant qu'il est lié au bon atome, même dans une molécule complexe.
Autre chose : les trucs rouges et bleus s'appellent des waldos. C'est pas expliqué pourquoi, c'est dommage, j'aimerai bien savoir. 