Bon pour ceux que ça intéresse, après une recherche j'en ai trouvé pas mal..
Mais surtout cette page qui est un rassemblement des mods FF6
http://www.zophar.net/hacacks/snes/final-fantasy-3.html
Ceux qui m'intéresse particulièrement sont:
_FF3usHT: Une version plus dur de ff6 avec des ennemis/boss en plus..
Extrait d'un des "nouveaux" boss:
http://www.youtube.com/watch?v=XTWogVT87oc&feature=related
Il y a aussi les "experts version"..
_Là on peut se battre contre l'arme Emeraude de FF7 
http://www.youtube.com/watch?v=YQ9_jNwOwY0
Il y a aussi des mods pour se battre contre Golbez, Omega Weapon et plein d'autres boss particulier..
_Final Fantasy 6: The Eternal Crystals
Nouveaux ennemies, dongeon, persos, musiques etc.. plein de changement, à voir si c'est bien.. ou pas!
Bref, il y a des tonnes de mods.. Après tout les rom snes sont bien plus simple à modder que des jeux comme les FF psx(encore qu'il y a des tonnes de mods FF7)