Beaucoup de bêtises ont été dites ici.
On commence par le plus facile, le son : la SNES et la MD n'ont rien à voir. On peut préférer l'une ou l'autre, selon si on préfère une imitation d'instruments ou un synthétiseur purement électronique.
Question de goût donc, par contre ce qui est un fait avéré, c'est que la MD est un instrument de musique à part entière, là où la SNES se contente de lire des samples compréssés. Comprenez par là qu'il est impossible de faire plus clair et net qu'un son d'une console qui utilise un synthé comme la MD, puisqu'elle joue littéralement du synthé pendant que vous jouez ! Ce ne sont pas des sons enregistrés dans la cartouche comme la SNES, mais voyez ça plutot comme du papier à musique, et la MD qui le lit en temps réel.
Evidemment, un instrument sera toujours plus pur qu'un sample.
Puisque, comme je l'ai dit, c'est une question de gouts, je vais donner les miens : je préfère la MD. Son son typiquement des années 16bits rappellent l'arcade (d'ailleurs son processeur sonore est très proche de celui de la Neo-Geo !), et je trouve que ça a pris un cachet particulier avec les années.
Voilà ce que ça peut donner quand un génie s'y met, c'est juste démentiel :
http://www.youtube.com/watch?v=GqyEbu8cmMg
Ensuite, les graphismes : la SNES est très performante car ses processeurs graphiques proposent des options simples à mettre en oeuvre et pré-programmées. C'est donc très simple pour un développeur d'en sortir tout de suite quelque chose de beau. Cependant, la MD est plus puissante, et cette puissance, utilisée par de grands développeurs, pouvait donner quelque chose d'exceptionnel graphiquement. Sonic 3 par exemple est superbe. Mickey Mania, l'un des plus beaux jeux de la génération, est aussi beau sur MD que sur SNES. En fait, une console qui sort deux ans après devrait humilier sa concurrente (un peu comme GC/PS2, DC/N64, Master System/NES...), et là, ce n'est pas le cas. La MD reste même supérieure en terme d'animation. Ca ne fait pas honneur à Nintendo.
Bref, une SNES très bien conçue, facile à exploiter, qui incite même le développeur à abuser d'effets en tout genre, de l'autre, un diamant brut que seuls les meilleurs développeurs maitriseront, mais quand c'est le cas, ça peut être impressionant. Il en résulte que 90% des multisupport sont supérieurs sur SNES, mais les exclu et très rares multi qui exploitent très bien les deux consoles se valent.
Ensuite, niveau ludothèque, ça dépendra des gouts, mais globalement la SNES est plus polyvalente et susceptible de satisfaire plus de monde.