J'avais un peu galéré, moi aussi...
D'abord il te faut la version 1.31 de FLMM, et non pas la dernière (la 1.4), qui provoque des bugs avec certains mods.
Ensuite il faut lancer FLMM en mode admin, sinon ça coince aussi.
L'activation des mods demande parfois du temps : pour Rebalance, Discovery ou Crossfire, ça peut prendre plusieurs minutes, et il ne faut pas toucher à FLMM durant ce chargement, ou ça coince.
Il faut surtout faire ça impérativement sur une install propre :
- Désinstaller le jeu
- supprimer TOUS les dossiers Freelancer (programmes, Documents)
- Réinstaller Freelancer
- Installer FLMM 1.3, effacer tous les mods déjà fournis du répertoire Programmes/FLMM/Mods, et y placer le mod voulu
- Exécuter FLMM en mode admin
- Activer le mod