Ben certains pokémon comme tu l'as dit. Mais c'est surtout le légendaire spécifique à la version.
Dans Argent on capture Lugia en premier et Ho-Oh en fin de jeu et dans Or c'est l'inverse.
Sinon y'a aucune différence. ça fait partie du marketing de Nintendo, si on veut tous les pokémon, il faut avoir les deux versions.