Je serais dans le camp du " vaut mieux assurer ces arrières", autrement dit de faire quelques petits détours pour avoir suffisament de missiles ou de energy tanks pour arriver à battre Mother Brain.
Les pros savent l´éliminer avec un minimum : du genre en ne perdant qu´un simple energy tank ( sur un total de trois).
D´un autre côté, il est possible d´avoir tout les items ( 100% quoi) en moins de trois heures, même si pour bcp ca semble irréalisable... J´en parle dans le topic " A bas les faux joueurs".
En tout cas je te remercie de ton intérêt autant pour ma petite soluce que pour le jeu en lui-même 
See you next mission