Ça dépend de plein de choses ...
En particulier, de ce qui t'intéresse en fait.
Si tu veux rester généraliste, c'est clair qu'à part centrale, l'X et les mines, le reste, c'est pas fou fou à ma connaissance ...
Après, si tu veux te spécialiser, de manière plus ou moins importante, beaucoup d'écoles moins réputées sont meilleures que celles que je viens de citer. Bon, t'as les ens, mais c'est pas tellement ta question. Typiquement, l'exemple que je connais le mieux, c'est l'ENSIMAG, qui est reconnue comme étant d'assez loin la meilleure école d'ingénieur en informatique (accessible sur le concours CCP, bien que ce soit une des plus dures). Tu as aussi des écoles un peu à part dans des domaines que personne d'autre n'aborde avec autant de succès comme l'ensae en économie et informatique financière.
Beaucoup d'écoles plus "basses" dans les classement sont en fait excellentes dans leur(s) spécialité(s), mais moins bonne dans tout ce qui s'en éloigne un peu trop. Et même au sein des mines et des centrales, les "classements" sont relativement violents (par exemple, je ne connais personne qui irait comparer centrale Marseilles à centrale Paris ...
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Si tu sais ce que tu veux faire plus tard, ou au contraire, ce que tu ne veux pas faire plus tard (genre si t'aimes pas la physique, ou certains domaines de la physique), tu peux déjà essayer de regarder les programmes des écoles et leurs spécialisations pour faire un tri préliminaire de ce qui t'intéresse.
Ce qui est bien en scientifique, par rapport aux écos, c'est que les écoles ont toutes des spécificités différentes, ce qui fait que le classement a moins de valeur (alors que pour les écoles d'éco, toutes font la même chose, donc quand on dit qu'une école est meilleure qu'une autre, c'est meilleur sur quasiment tout).