Si je ne me trompe pas, le pronom relatif "que" a une fonction grammaticale dans la proposition relative.
Exemple : C'est l'homme que je vois.
Ici, le "que" est COD du groupe verbale "je vois". Tu peux poser la question :"je vois qui ou quoi?" . Et le pronom relatif a un antécédent. Dans l'exemple, l'antécédent est homme.
La conjonction de subordination "que" n'a pas de fonction grammatical et pas d'antécédent. 
Exemple : Je veux que tu manges.