Que change réellement la ES par rapport à la S à part le fait qu'elle bouche médecine et les écoles d'ingénieur ? Si l'on souhaite faire autre chose genre école de commerce ou fac ?

Et bien ça ne change pas grand chose, hormis peut être une question de prestige. Et même pas forcément : personnellement j'ai choisi la voie ES par choix et non pas par défaut (j'avais largement les moyens d'aller en S, mais la ES me tentais plus)... Et en fin de compte, ça ne m'a pas empêché d'aller (l'année prochaine, donc) en Prépa HEC à Henri IV.
Finalement, je te conseille donc fortement cette voie si toutefois tu es sûr de ne pas du tout te diriger vers des voies scientifiques pures ou vers médecine.

Certaines bonnes prépa commerce/eco ne prennent que les S ou les ES spé maths

Au niveau du contenu des cours ca n'a strictement rien à voir, le niveau de math est bien plus élevé en S ce qui te permet par la suite d'aller en fac de math ou MPSI ...

JE te conseille de faire le choix en fonction des matières et non en fonction des débouchés car si tu vas en S et que tu détestes les math et la Physique ça ne sert à rien. ( en tout cas un truc est mal fichu, les ES n'ont pas de physique à ce que j'ai compris? pourquoi on nous retire pas l'histoire à nous bon certes ils ont de l'éco ou je sais pas quoi en plus, mais pourquoi ne pas rajouter une matière scientifique aux S et virer l'histoire)