Evidemment dans le doute, mieux vaut en faire une différente.
Mais d´un autre coté, à chaque DUT correspond un "département", dirigé par un chef de département. (qui lira ta lettre lui ou un collaborateur)
Un IUT formant à plusieurs DUT contient donc plusieurs "départements" et ta lettre sera lu par le département en question. Il me semble qu´ils sont indépendants entre eux et qu´ils ont assez peu de contact, donc tes deux lettres n´iront pas dans les mêmes mains.
(Ce qui est logique, en quoi le chef du département informatique pourrait-il juger les compétence d´un élève demandant à aller en gestion?)