La différence est que tu te spécialises plus tard, ce qui a des avantages si par exemple tu hésites entre les finances et l´administration, ou bien le journalisme, la diplomatie(principaux débouchés, mais il en existe bien d´autres). A Sciences po tu décideras de faire des finances en deuxième cycle, ce qui te laisse des années pour réfléchir à ton orientation, alors que les 2 années de prépa qui te mènent aux grandes écoles de commerce sont un peu moins ouvertes.
Après, je pense que le diplôme de Sc po peut valoir celui d´une bonne ESC, mais bien sûr c´est relatif, tout dépend de l´IEP et de l´ESC que tu considères pour établir une comparaison. Et de toutes façons, tu peux faire ton premier cycle à sciences po et le second dans une ESC.