La virgule, c´est par rapport à l´agencement des molécules dans l´espèce chimique je crois. Pareil pour les parenthèses : dans ton espèce chimique, tu as par exemple (NH4)2, ce qui signifie donc que tu as deux fois la molécule "NH4", mais que tu ne peux pas trouver N, H2 et H2 séparés. La molécule forme un "bloc", à l´intérieur même de ton espèce chimique.
Ceci dit, ch´uis pas complètement sûr de c´que j´raconte hein, mais j´crois qu´c´est ça. (et ça paraît plus ou moins logique)