La première problématique de la croyance dans ce conte réside en fait en une incroyance en les choses qui ne nous sont pas perceptibles. Un sentiment d’incrédulité face aux choses qu’on ne peut connaître, qu’on ne peut voir ou même sentir, résultant d’un jugement hâtif face à ce qui ne peut être connaissable. Ainsi la croyance repose sur l’efficience de nos sens, si on ne peut voir, sentir, entendre, alors cela ne peut exister. Ainsi Micromégas tout au long de leur voyage guide le Saturnien dans sa réflexion et lui apprend à ne pas juger trop vite car les apparences sont trompeuses et les sens peu fiables : « Vous ne voyez pas certaines étoiles . .. que j´aperçois très distinctement ; concluez-vous de là que ces étoiles n´existent pas ? »
Le Saturnien perd ainsi toute croyance, car ce qu’il croyait jusqu’alors vient d’être contredit, désormais il prend conscience que des choses peuvent exister même si on ne les perçoit pas. Les leçons de Micomégas seront bien reçues puisque le Saturnien est obligé de constater : « Je n´ose plus ni croire ni nier... je n´ai plus d´opinion. » D’où d’ailleurs le nom de Micromégas : micro c’est l’infiniment petit, et mégas c’est l’infiniment grand. Seul le sage sait que l’infiniment petit existe tout comme l’infiniment grand, Micromégas est un géant pour les hommes, mais une poussière dans l’univers.
La deuxième problématique de croyance s’adresse aux hommes, qui croient qu’ils sont les êtres les plus intelligents dans l’univers et que l’univers lui-même est anthropocentriste : que tout a été fait pour l’homme. Micromégas leur démontre alors qu’avec leurs belles paroles, et leur savoir philosophique, ils sont loin de détenir le savoir plénier, absolu. Trop vaniteux pour prendre ces paroles en considération, les hommes sont punis par Micromégas qui leur offre une livre blanc, qui symbolise la non connaissance. Les hommes croient qu’ils savent, alors que Micromégas sait qu’il croit. C’est ce qui explique encore une fois son nom, habilement choisi par Voltaire.
Cet être gigantesque qui sait qu’il ne sait presque rien de la connaissance plénière : grande est sa taille, mais infime est sa connaissance de l’univers ; s’oppose aux humains qui croient tout connaître malgré leur petite taille.
Ainsi Voltaire insiste dans ce conte, sur l’incrédulité des hommes de son temps, qui refusent toute nouvelle théorie dès lors qu’elle n’a pas été prouvée, démontrée, mise en évidence. Par ce biais, il dénonce aussi leur vanité, leur orgueil, ces êtres qui pensent tout connaître sur tout alors qu’ils n’ont que quelques milliers d’années d’histoire, et que la petitesse de taille comme d’esprit les fait se complaire dans leur ignorance.
