Le 2 septembre 198841, lors de l'université d'été du Front national au Cap d'Agde, il déclara : « Monsieur Durafour et Dumoulin, obscur ministre de l'ouverture dans laquelle il a d'ailleurs immédiatement disparu, a déclaré : “Nous devons nous allier aux élections municipales, y compris avec le Parti communiste, car le Parti communiste, lui, perd des voix tandis que l'extrême droite ne cesse d'en gagner…” M. Durafour-crématoire, merci de cet aveu ». Auparavant, Michel Durafour avait déclaré lors d'un passage à la radio : « Nous voulons faire disparaître Jean-Marie Le Pen de la vie politique[réf. nécessaire] ». Le principal argument de défense sera qu'un jeu de mots similaire (« Le colonel... Dufour crématoire ») était paru précédemment dans Le Canard enchaîné du 27 juin 1962, sans déclencher de polémique similaire42. Pour cette affaire, son immunité parlementaire de député européen avait été levée le 11 décembre 198943.
En janvier 2005 il déclara dans l’hebdomadaire Rivarol que « l'occupation allemande n'avait pas été particulièrement inhumaine, même s'il y eut des bavures, inévitables dans un pays de 550 000 kilomètres carrés », ce qui provoque l’ouverture d'une information judiciaire suite à une plainte déposée par l'association des Fils et filles de déportés juifs de France (FFDJF) représentée par Arno Klarsfeld.
Le 4 avril 2008, dans un entretien paru dans le magazine Bretons, il a une nouvelle fois affirmé que les chambres à gaz sont un détail de la Seconde Guerre mondiale — Jean-Michel Aphatie remarque : « Cela, il l'avait déjà dit en 1987, lors d'un Grand Jury RTL-Le Monde. Dans Bretons, il va plus loin. Il affirme, en effet, ne “pas croire à cette vision-là”, celle de la déportation et de la mort dans les camps. Dans cet entretien, Jean-Marie Le Pen est “négationniste”, ce qu'il avait soigneusement évité d'être jusque-là »50,51 —, mettant en doute, au minimum, l'importance du nombre de gazés. Extrait des réponses de Jean-Marie Le Pen : « Je ne me sens pas obligé d'adhérer à cette vision-là. Je constate qu'à Auschwitz il y avait l'usine IG Farben, qu'il y avait 80 000 ouvriers qui y travaillaient. À ma connaissance, ceux-là n'ont pas été gazés en tout cas. Ni brûlés. » Ces propos sont condamnés par l'ensemble de la classe politique y compris par sa fille, Marine Le Pen et par le Front national lui-même en la personne de Louis Aliot, son secrétaire général52. Une porte-parole de la Police judiciaire parisienne a déclaré le 6 mai 2008 qu'une enquête préliminaire « a été ouverte pour contestation de crimes contre l'humanité et provocation à la haine raciale »53. Jean-Marie Le Pen affirme cependant dans un bref communiqué qu'il avait « interdit expressément par lettre recommandée il y a déjà 15 jours » au magazine Bretons de publier cet entretien »54. Le même jour, l'avocat de Jean-Marie Le Pen, Wallerand de Saint-Just, accuse la justice de poursuivre Jean-Marie Le Pen après ses nouvelles déclarations sur la Shoah « parce que c'est Le Pen », ajoutant qu'il n'y avait rien de répréhensible dans ce qu'a déclaré Jean-Marie Le Pen, qui s'est tenu « dans le cadre exact de la liberté d'expression »55.
Mais non voyons, il n'est pas nazi. 