C'est un abus de langage, oui.
Généralement quand on parle de l'application A, A désignant une matrice, on parle de l'applications linéaire associée à la matrice A dans la base canonique.
Mais plutôt que de se traîner des phrases à rallonge à tout bout de champ, on parle de l'application A.
C'est un abus de langage, mais c'est utilisé couramment donc c'est devenu normal