C'est pas que les fichiers se retrouvent un peu partout dans le système X). Ils sont TOUS dans le même répertoire d'installation ^^.
C'est juste que sur le disque à force d'utilisation du disque dur, les fichiers sont installés sur le disque en étant coupés en cluster (portions) et sont disposés à diverses endroits du disque. Plus le disque est utilisé, plus ces portions de fichiers sont espacés entre eux. C'est ce que l'on appel la fragmentation.
Il faut comprendre aussi qu'un disque dur est un genre de gros CD. Pour lire une donnée, il tourne sur lui-même pour arriver à l'emplacement de l'info.
Plus la fragmentation est importante, plus le disque doit tourner et parcourir de chemin pour arriver à l'info suivante afin de reconstitué le puzzle. Et donc il mets plus de temps à consulter un fichier.
La défragmentation ? Ça consiste à nettoyer le disque en rassemblant toutes ces portions de fichiers à la suite. Ca réduit le temps de recherche et de lecture d'un fichier, car le disque dur à moins de chemin à faire pour reconstitué tout le fichier.
Plus d'info ici :
http://www.commentcamarche.net/contents/1015-defragmentation