Je ne pense pas que la saga Episodes permettra de faire la lumière sur tout. On nous promet seulement quelques informations supplémentaires sur quelques personnages, dont le GMan.
Concernant Alyx on aura toute les réponses dans l´Episode Two, d´ailleurs le GMan pourrait très bien se servir d´elle pour attirer, et recuperer Gordon. En tout cas, je doute qu´il le laisse en liberté bien longtemps.
A mon avis, à moin qu´après la saga Episodes VALVe décide de se mettre aux add-on en tout genre, il faudra attendre un eventuel HL3 pour cloturer la saga.