T´en à une floppée...Pour n´en citer que quelques uns:
- Maya €€
- Maya PLE ( gratuit mais pas de plugins pour HL² à ma connaissance )
- 3DSMax v5 à 7 ( sachant que la 7 est en anglais uniquement) €€
- Gmax: version gratuite et allégée de 3DS, souvent utilisée pour les mods, mais je crois qu´il est pas compatible HL² sans faire quelques détours...)
- XSI 4.2 €€
- XSI Mod tool 4.2: gratuite, allegée, plugin pour HL² disponible. http://www.softimage.com/products/Mod/v4/default.asp?pg=http://www.softimage.com/products/Mod/v42/downloads/
- Milkshape: gratuit et permet d´exporter pour HL².
Personnellement, je te conseille milkshape si tu veux partir sur quelque chose de gratuit ou 3DSMax 6 si ton compte telecharger un soft 3D payant. Euuuh acheter pardon
La version dédiée à HL² de XSI est peut etre moins facile à prendre en main et surtout plus effrayante au début 
Rien empeche de passer sous un autre soft par la suite biensur...
Tous ces logiciels permettent de modeler et de skinner tes models.
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HL² OverTaken: http://hl2-overtaken.net