Freeman se reveille après trente de sommeil par le g man.
Il doit encore sauver le monde la menace extra terrestre.
Breen a fait un contrat avec une entité E.T. très puissante, et il est en quelque sorte le représentant de la race E.T. sur terre, c un amabassadeur quoi.
DOnc freeman doit destroy le siège de Breen : la citadelle, il aide donc les rebelles a llutter contre l´ennemi, il finira a la fin pas exploser la citadelle en provoquant une perturbation de l´espace temps combiné a une déstabilisation spatio temporelle ( c´est la même chose mais bon^^) et BOOOOM.
Faut attendre HL²:aftermath pour plus d´info sur le scenario.