Il y a pas mal de zones d´ombres, mais dans le un on se réveille sanglé sur un lit dans une cellule, puis on est libéré et une voix nous donne des ordres ( c´est le tutorial). Mais pour le finir il faut tuer des gardes et s´enfuir.
Un an plus tard, 47 ( nous!) est à Hong-Kong et reçoit sa première mission de tueur à gages par une oganisation ( Merces Letifer).
On rempli plein de contrats un peu partout, pour finalement se rendre compte que tous nos contrats étaient passés par le même commanditaire, qui voulait se débarrasser d´une série d´amis devenus encombrants. Et cette personne, c´est elle qui à fabriqué 47 avec son ADN et celui de ses amis, pour en faire une machine à tuer. L´asile est un hopital psychiatrique de Roumanie qui sert de couverture à ses activités peu recommandables, et on y revient à la fin du jeu ( on se rend compte alors que c´est là qu´on était dans le niveau tutorial). On finit par tuer le " méchant en chef" abrité par une armée de clones nouvelle génération ( les 48).
Puis le 2 commence. 47 s´est retiré en Sicile, mais son passé va le rattraper... ( l´intro reprend la fin du jeu, où on voit le carnage dans l´asile)