Pour moi, les observateurs ont bel et bien existé.
Outre le sauvetage de Peter et Walter dans le lac, il y a aussi le fait que Michael a été créé à partir de l'ADN de September.
Concernant la disparition de Walter, je pense qu'il disparaît au moment où l'invasion des observateurs était censé se produire. Quand Peter reçoit la fameuse tulipe, il ne sait pas que son père a disparu ni pourquoi. On peut donc déduire qu'il va se rendre au labo, trouver la cassette et apprendre ce qui s'est passé.