En entrant dans la machine, Peter a fait le choix de détruire l'autre monde. La machine lui a alors donné une vision du futur : une sorte d'apocalypse où l'autre monde se retrouve détruit, et où Olivia meurt.
Seulement, ce n'était qu'une vision : seule la conscience de Peter a été envoyée en 2026. Peter n'a pas voyagé physiquement dans le futur (son corps est resté dans la machine).
Puisque c'était une vision, cela signifie que les événements dont il a été témoin en 2026 ne sont pas arrivés, cela ne s'est pas réellement passé : c'était un avertissement. A la fin de l'épisode, la conscience de Peter revient en 2011 (à la suite de sa discussion avec Walter), et à ce moment il décide de faire un autre choix (puisque le premier menait à l'apocalypse) : Peter décide de réunir les deux mondes.
A la suite de cela, Peter disparaît, et personne ne se souvient de lui : comme s'il n'avait jamais existé. Nous ne sommes pas censés pouvoir comprendre pourquoi à la fin de l'épisode. La saison 4 nous le révèlera.