Bon après grosses discussions avec plusieurs fans de la série, le scénario est donc que:
JH c'est en fait un système informatique construit pour lutter contre Skynet, c'est le T1000 Weaver qui est retournée dans le passé pour construire JH.
Cameron dans le futur avait tenté de négocier une alliance entre les T1000 (un groupe rebelle qui veut la paix) et les humains (épisode du sous-marin), mais l'alliance a échoué car les T1000 veulent travailler de leur côté sur un autre projet pour vaincre Shynet (en fait le projet John Henry).
En fait dans le dernier épisode, quand John et Cameron interrogent l'agent Ellison du FBI, celui-ci dit que Weaver veut les rencontrer, mais comme John et Cameron ne sont pas super convaincu par cette idée, Ellison dit à Cameron la phrase "Will You Join Us" (un message de Weaver pour Cameron), la elle réalise alors que Weaver est en fait membre du groupe de T1000 rebelle.
Quand Cameron découvre JH, elle lui donne sa puce pour pouvoir l'aider dans sa lutte contre skynet, en fait Cameron accepte l'alliance que lui a proposé indirectement Weaver.
Pour pouvoir lutter contre Skynet, Cameron accepte de travailler avec JH...
JH part dans le futur avec en plus la puce de Cameron pour affronter Skynet après le "Jugement dernier"
Il semble que la décision de Cameron de s'allier avec JH dans le présent a changé le futur, John arrive dans un futur alternatif où il n'est pas le leader de la résistance.