- Kishimoto a essayé de laisser la personnalité de ses personnages diriger leurs actions, plutôt que d'essayer de les influencer dans le sens où il voulait qu'ils agissent. C'est pour ça que ça lui a pris deux fois plus de pages que la quantité qu'il avait l'intention d'utiliser à l'origine.
- Finir Pain avec le Blabla no Jutsu n'était pas dans ses intentions au début. C'est en discutant avec ses éditeurs qu'ils en sont arrivés à cette façon de résoudre le conflit.
- Il pensait qu'utiliser le Blabla no Jutsu était tabou dans les Shonens (où l'on résout les conflits par la violence), mais a quand même osé le faire. Il était vraiment inquiet à l'idée de le faire. Il s'est disputé avec son éditeur là-dessus.
- Le "cycle de la haine" a été inspiré de faits réels, comme le 11/09. Le but était de transmettre un message comme quoi, il était important d'essayer de comprendre les motivations de chacun car sinon, le cycle se poursuivrait.
- Même s'il a utilisé le Blabla no Jutsu, il voulait que Naruto se heurte à un mur avec Pain pour que ce soit plus réaliste par rapport à ses autres ennemis qui étaient plus enclins à l'écouter.
- Le subtil équilibre des pouvoirs des Bijuu (les démons à queues) représentait la lutte sur le nucléaire. Les utiliser en tant qu'armes de destruction massive est une mauvaise idée pour l'espèce humaine.
- Il s'est projeté dans son personnage de Naruto. Tout comme lui, il avait du mal à l'école et n'était pas sûr qu'il deviendrait vraiment mangaka. Et tout comme lui, il essayait de s'encourager continuellement.
- Plusieurs types de Jutsu ont été créés avec l'aide de ses éditeurs et se sont inspirés d'images de films.
- Développer l'histoire autour de Shikamaru était difficile, étant donné la complexité de ses plans. Kishimoto mettait d'ailleurs pas mal de temps à les élaborer, alors que dans le manga, ça ne prenait qu'un moment à son personnage.
- Le Tsukuyomi Infini était le symbole de "la fuite", l'antithèse de l'idéal du shinobi qui est "d'endurer". Renier l'idée de "fuir" (càd "la voie de la facilité") faisait partie du personnage de Naruto et était sa raison-même de s'y opposer.