L'Edo Tensei a besoin d'ADN du ressuscité et d'un sacrifice, vous êtes d'accord ?
Pourtant Orochimaru ressuscite les Hokage en sacrifiant des Zetsu Blancs, mais sans les ADN des invoqués.
Pourquoi ? Car leur âme n'était pas dans le monde des morts, mais dans le monde des vivants, et juste à côté.
Il y a donc des cas particuliers
Le Gedô Rinne Tensei ramène l'âme dans le corps original, mais jusqu'à présent dans tous les cas que avons pu voir (c'est-à-dire quand Nagato l'utilise), les âmes étaient dans le monde des morts.
Sauf que là, l'âme de Madara est dans le monde des vivants : elle n'est pas rappelée du monde des morts où elle aurait été "libre", mais est prisonnière d'un corps d'Edo.
Donc ma théorie, c'est que c'est aussi un cas particulier ! 
Le Gedô Rinne Tensei ne peut pas ramener l'âme dans son corps car elle est déjà dans un corps, en conséquence il ressuscite ce corps.