A la base, "Prometheus" devait être une prequelle de la saga Alien.
Le scénario était écrit par Jon Spaihts et s'appelait "Alien Engineers".
Mais la fox a décidé d'engager Damon Lindelof pour reecrire le scénario et en faire un film qui se situe dans le même univers qu'Alien, mais qui reste indépendant. Ils abandonnent donc l'idée d'une prequelle.
D'ailleurs, le scénario initial (celui écrit par Spaihts) a fuité sur la toile, et les fans l'ont tellement adoré que ça a fait un tollé et la Fox a viré Lindelof.