Oui certes mais ça répond pas à la question 
Probablement subconscient vu que les Kaminoens les ont créés comme ça, mais d'un autre côté on note bien que avec les exceptions que dès que les certitudes sont mises à mal ou que l'environnement redéfinit leur conditionnement, ils n'appliquent pas l'Ordre 66. Du moins, ceux qui ne l'appliquent pas ont des circonstances personnelles différentes qui sont bien plus grosses que par exemple la relation "frères d'arme" qui lie la plupart des clones aux Jedi (comme Cody et Obi-Wan).
Par exemple, Ion, c'est juste parce qu'ils pensent que c'est un leurre des Séparatistes. Dans les romans Republic Commando, c'est beaucoup plus compliqué que ça, ceux qui ne l'appliquent pas le font parce qu'ils ne se sentent quasiment plus concernés par la République et ont des préoccupations beaucoup plus sentimentales et personnelles.