Unity:
Plus pratique et rapide à utiliser grâce à l'interface, pas mal de fonctions "toutes faites" et plus simple à apprendre pour faire un banal jeu 2D
Java:
Executable un peu moins lourd au final, on a plus de contrôle sur ce que l'on fait, plus "libre" niveau license etc. et totalement gratuit. (Et d'après moi, sur de la 2D, de meilleures perfs que Unity, en tout cas sur android: Unity lag sur pas mal de vieux appareils et n'est même pas compatible avec les 3/4 des appareils sous android 2.x tandis que java/libgdx tourne bien partout)