Ce n'est pas "simpliste", c'est juste plus facile d'utiliser Unity, et surtout beaucoup plus rapide, que de devoir se taper tout le code de A à Z, cependant tu arriveras à de meilleures performances si tu fais tout toi même. Mais pour un premier projet Unity me semble le plus adapté.
Développer un moteur de jeu est THÉORIQUEMENT à la portée de tous, moi même j'ai déjà programmé une librairie qui m'enlevait le code rébarbatif et très similaire qu'on écrit à chaque début de projet, puis s'occupait de faire tourner mon jeu. Cependant sache que la création entière d'un moteur de jeu est compliquée. En effet, un moteur de jeu possède un moteur graphique, sonore, physique et logique. La réalisation d'un moteur graphique est très longue (enfin pas toujours, mais j'y reviendrai) et complexe car elle nécéssite beaucoup de connaissances. Le developpement d'un moteur audio est un sujet que je n'ai jamais approché, mais ce n'est pas excessivement difficile. Le développement d'un moteur physique demande des connaissances assez poussées en Physique , en maths et en mécanique et cela me semble irréalisable sans jamais avoir touché à l'algorithmique. Le moteur logique est extrêmement simple, une heure toute au plus, mais demande une bonne connaissance dans le langage et en algo.
Pour résumer, si tu es débutant oublie la création de moteur de jeu.
Enfin pour répondre à la question, Prelude of the Chambered (le jeu de Notch codé pour le Ludum Dare 21), Notch a crée son propre moteur graphique. Un youtuber peu connu mais excellent qui s'apelle TheCherno a ensuite étudié le code source et fourni un tutoriel, d'une 30aine d'épisodes, expliquant le fonctionnement de ce dernier. S'avérant assez complexe, peu clair et très mal optimisé (un autre youtuber nommé TheCodingUniverse a effectué une comparaison avec OpenGL, le résultat est assez peu surprenant, openGL est 100 fois mieux, mais le travail fourni par Notch pour la création du moteur est tout de même remarquable), je te déconseille très fortement de tenter par toi même la réalisation de ce genre de choses. Et de toute façon tu n'y arriverai probablement pas.
En résumé Notch n'a effectivement pas utilisé de Librairie ou moteur, cependant il est pro et très bon, donc à mon avis n'essaye pas de faire pareil.