-Les tiles des consoles 8 bits avait comme dimension 16px de coté. (FF,Dragon Quest, Secrat of mana...)
-Pour information : Rpg Maker 2000 et 2003 tourne en 16px. Rm 95,XP,VX,Ace en 32px.
-Faire du 16px c'est plus facile et plus rapide pour les graphismes. Mais il faut accompagner ça avec une "résolution" adapté. (320/240 par exemple en native)
Donc le choix dépend de ce que tu veux faire.
Pour la taille des map cela va dépendre de la configuration des lieux. De trop grande map n'est pas si bien que ça. Car il faut la remplir. Il est préférable de séparer par exemple une grande ville en plusieurs maps. Et tu parle de 1000 sur 1000 mais mille quoi ? Carreau ? C'est trop 1000 carreaux.
100 sur 100 carreau c'est déjà une belle ville, ou un beau quartier de ville. Je te conseille d'allumer un nes/SNES (emulateur) et de jouer un peu au vieux RPG pour te faire une idée de comment c'est réalisé...