Tout est de la gestion d´evenements :
Quand tu perds la fenetre, ou quand tu la réouvre, un evenement est génére, que tu récupres avec Pollevent.
Voici tous les types d´events gérés.
http://www.libsdl.org/cgi/docwiki.cgi/SDL_20Event_20Structures
A toi de savoir lesquels sont appelés, et quand, et, en fonction de ça, mettre ton jeu en pause, ou alors redessiner.