Bien sur que c´ est possible ! 
Pour cela il faut que tu utilise une boucle for next et que tu fasses apelle à la commande Set matrix height, elle te permet d´ élever des points sur la matrice.
Donc d´abord tu crée ta matrice.
Après tu met randomize matrix comme tu le dis
et maintenant tu ouvre une boucle:
FOR variable = X to X
Dedans tu place la commande Set matrix height comme ça tu pourra mettre les facettes que tu veut à une altitude de 0 donc ça sera plat 
Après tu n´a plus qu´ a refermé la boule et a mettre UPDATE MATRIX 1
Je t´ai fais un code source vite fait pour que tu voit si je t´ ai mal expliqué ; )
La matrice est petite, donc la valeur de randomize matrix l´ ai aussi
Tu constatera qu´ une aprtie de la matrice reste plate
`Création de la matrice
Make matrix 1,90,80,5,5
`Déforme la matrice
Randomize matrix 1,15
`Création de la boucle qui permettra de gérer la hauteurs de chaques points
FOR facette= 0 TO 5
`Le premier paramètre correspond au numéro de la matrice, le numéro de facette en X, le numéro de facette en Y, la hauteur, ici 0 comme tu veux que sa soit plat
Set matrix height 1,facette,2,0
Set matrix height 1,facette,3,0
NEXT facette
`On actualise la matrice
update matrix 1
`On replace la camera juste pour mieux voir la matrice ; )
Position camera 40,40,-40
Point camera 40,0,45