Pour éviter les infestations et autres maladies, sur une zone d'agriculture, j'alterne les cultures, jamais les mêmes côtes à côtes, ça évite que cela se propage.
Quand ça se déclare, il suffit d'effectuer une récolte ou de semer un nouveau type de graine, sachant que l'hiver doit mettre fin à l'infestation.
Pour les arbres fruitiers pas trop de solutions. Si ça persiste avec l'hiver il faut couper et replanter plutôt que d'attendre plus longtemps.
En ce qui concerne les animaux, j'ai remarqué que je n'ai quasiment jamais de maladies qui se déclarent si je limite le nombre d'animaux dans un même enclos. Par exemple, sur un enclos max de 30 poules, je limite la production à 20/24 environ, en fonction des besoins.
Il est possible que le jeu prenne en compte la meilleure "qualité de vie" des animaux lorsqu'ils sont moins nombreux.