non, les missions coop sont des missions à part ( histoire annexe ) qui peuvent elles aussi se faire en solo par ailleurs.
Ils n'ont pas voulu faire toute l'aventure en coop à cause du fait qu'on serez bloqué dans la progression si des joueurs avec qui tu joue n'est pas présent pendant un certain temps.
source : http://www.gamergen.com/actualites/assassin-creed-unity-la-qualite-pixel-nombre-gestion-minutieuse-pnj-univers-plus-sombre-et-application-plus-poussee-254922-1