Avec la première version de l'Animus, l'ancêtre devait avoir l'apparence du sujet afin de ne pas perturber son état psychologique. Mais les autres versions, plus stables, ont réglé le problème.
C'est pour ça que dans AC1, Altair a le même visage que Desmond. Il me semble que son visage change dans Revelations.
Pour Ezio les devs ont parlé de créer un lien afin de justifier leur volonté de gain de temps, c'est probablement renforcer cette idée qu'Ezio se retrouve avec la même cicatrice.