Les Bad Eggs sont dû à un mauvais checksum, ce sont soit des hacks très mal faits, soit des Pokémon corrompus.
Voyez ça comme un error handler, le jeu fait un checksum du Pokémon pour vérifier l'intégrité des données, s'il voit que le checksum n'est pas correct il affiche "Mauv. Œuf" pour éviter d'afficher des données invalides.
À la base ça n'est probablement pas fait pour punir les tricheurs, le fait que ça se pointe avec l'Échange Miracle à cause de hackers qui mettent des Poké hackés dessus et un side effect non désiré...