Alors...
Déjà, si t´en as ouvert et qu´ils ont disparus tu peux pas les rouvrir. Faut reprendre une autre save.
Ensuite, les 12 coffres sont dipsosés ainsi: 2 à droite du 1er embranchement, 3 à gauche, tout au fond, 3 à gauche du second embranchement, et les 4 à droite, là où devrait se trouver le manuel 
Et puis pour ouvrir les 12 coffres, il y a paraît-il une histoire de timing à respecter pour éviter les combats avec les Zaurus, qui font échouer toute tentative d´avoir les 99 sphères téléport.
J´ai réussi, à mon grand étonnement, à ouvrir les 12 coffres à mon 3ème essai ( après 2 reset, donc) et ce sans connaître cette histoire de timing!
Histoire qui est expliquée dans gamefaqs, et que je devais traduire... 