Tidus, jeune joueur de blitzball, vedette dans l´équipe des Zanarkand Abes, assiste à l´attaque et la destruction de sa ville par la puissante entité maléfique, Sin. Emmené par Auron il est projeté mille ans dans le futur sur la terre de Spira. Il rencontre d´abord les al bhed mais est très vite à nouveau déplacé par Sin.
Il échoue sur la petite île de Besaid ou il fait la connaissance de l´invoqueur Yuna et des ses gardiens. Il accepte de partir en pélerinage avec eux.
Ils doivent visiter plusieurs temples pour acquérir les chimères. Ainsi Yuna pourra acquérir l´Ultime chimère ( dans la cité de Zanarkand, détruite donc il y´a mille ans), seule moyen de battre Sin, qui tue sans relache. Les habitants de Spira pourraient alors jouir de 10 ans de paix avant que Sin rescussite.
Mais arrivés à Zanarkand, ils apprennent que Sin est éternel tant que Yu Yevon l´invoquera. L´équipe décide d´entrer dans Sin pour aller cherche Yu Yevon, le battre et garantir ainsi une paix éternelle.
