Tu confonds quelques trucs.
SQL n'est pas déprécié puisque tu n'as pas d'autre solution que de l'utiliser.
Ce que tu nommes "MySQL" et "MySQLI" sont les ensembles de fonctions et objets PHP relatifs à la gestion de MySQL : mysql_*, mysqli_* (+ la notation objet).
mysql_* est déprécié et il est recommandé d'utiliser mysqli_* (ou la notation objet) ou PDO pour s'interfacer avec un serveur MySQL. Note qu'il est possible de jouer avec d'autre SGBD quand tu utilises PDO.
Conclusion, tu as juste à changer d'outil pour parler à MySQL, mais le changement n'outil n'implique pas de refaire ton SQL.