Y'a énormément de choses à maîtriser suivant les besoins.
Une installation simple de Wordpress c'est pas sorcier en soit, ce qui peut être facturé derrière c'est éventuellement l'UI/UX, le référencement (beaucoup de taff), l'écriture de contenu, ...
Pour les plus gros sites qui tournent sur Wordpress, des modules entiers sont développés spécialement pour eux : modules e-commerce (ou intégration/adaptation de modules existants), systèmes de votes, concours, lecteur, ... ce qui peut se rapprocher de tarifications pour des sites plus classiques.
Quand des sites Wordpress sont facturés dans le même ordre de magnitude que des sites 'non-wordpress', c'est justement parce que Wordpress n'y est qu'une base pour avoir un CMS intuitif et connu, le reste c'est du développement de fonctionnalités tout ce qu'il y a de plus classique.
Après auprès de freelancers ou en agence les prix peuvent sembler très élevés pour des installations extrêmement basiques de WP, mais c'est aussi une question de gestion des prix (certains freelancers ont un minimum de facturation de 1 ou 2 journées de travail par exemple, donc ça paraît tout de suite moins avantageux si on les engage pour un travail qui prendrait 5 ou 6 heures tout au plus).